Muzeul detine colectii de botanica, mineralogie, petrografie, paleontologie, entomologie, nevertebrate, pasari, reptile si mamifere. Este unul din cele mai vechi muzee din Romania, intemeiat in anul 1796, pe langa Colegiul Academic Reformat Bethlen. In 1862, din fosta colectie a raritatilor se organizeaza intr-o colectie separata cele din domeniul istoriei. In 1950 muzeul se separa de liceu si, in acelasi timp, colectiile din domeniul stiintelor naturii se constituie intr-o institutie culturala de sine statatoare, cu denumirea de Muzeul de Stiintele Naturii Aiud. Patrimoniul muzeului cuprinde peste 30.000 de piese, care sunt expuse in majoritate in patru sali, fiecare cu specificul ei. Muzeul se afla în incinta Liceului "Gabriel Bethlen", in aripa estica, inaugurata in 1886, la etajul I. Colectia de paleontologie cuprinde o parte insemnata din flora si fauna disparuta a Transilvaniei si arata trecutul geologic al acestei zone. Colectia de zoologie cuprinde toate clasele de animale nevertebrate si vertebrate, acestea cuprinzand exponate rare, chiar unicate, provenind din tara noastra si din cele mai indepartate colturi ale lumii.